1.薛丁格認為，根據熱力學第二定律，宇宙萬物皆傾向退化，也就是增加熵（失序狀態）。然而生命卻因為某種原因，可以抵抗這種傾向；生命這種迴避熵的能力，來自基因。（於1944，早於華生、克里克）
2.從某觀點來看，動物、植物跟病毒之間的異同，不過就是受惠於環境多少而已。
3.很顯然地，在「活性的」與「沒有生命」之間，是一段連續的光譜，硬要去畫出一條界線，其實沒有意義。環境從本質來講，是自外於生命的；然而我們看到，事實上根本不是這樣。環境與生命，永遠是攜手並進的。
4.普利昂蛋白，就是本來完全正常的蛋白質，經過重新折疊之後，變成半晶質的構造；這個構造又可以做為模版，繼續去折疊其他正常的普利昂蛋白，而整體的熵幾乎一樣。一個蛋白質可能會有好幾種折疊法，都處於穩定狀態，但其中只有一種對細胞來說有用；可是從熵的角度來看，這幾種折法幾乎沒有差異。
5.瑞典戰艦瓦薩號在1628年處女航就在斯德哥爾摩外海沈沒了，1961被打撈起來。在船沈沒後，隨著斯德哥爾摩城市的擴張，所有排出的污水都被傾倒在海床上，結果反而完美的把船保留了下來。這艘船可以說是被保存在糞堆中，污物產生的硫化氫將氧氣隔絕在外。一旦船被打撈起來，我們現在反而必須用盡全力去保持它的完整。
6.我們持續利用氧氣燃燒食物，排熱到環境中，這些損失的熱量並非浪費，它們是維持生命所必需。喪失的熱量愈多，生物才愈可能變得複雜。
7.我們一天要用掉60～100公斤的ATP分子，這大約跟我們的體重差不多重了。但是事實上我們全身大概只有60克ATP，因此可以計算出，每個ATP，大約每一分鐘就會被「重新充電」一到兩次。
8.為何所有的活細胞，都利用氧化還原反應來產生自由能？以及其次為何所有細胞，都利用在膜的兩側產生質子梯度，來保存這些自由能？
9.碳元素可形成4個強力化學鍵，比矽元素所形成的鍵結來說要強得多。這種鍵結，讓碳原子可以連接出超乎想像變化多端的長鏈分子。尤有甚者，大氣中並沒有氣態的二氧化矽，可以與二氧化碳相匹配。除了好用之外，在宇宙中碳元素的含量也比其他元素要豐富。
10.生命控制了這些化學動力障礙，藉此讓熵增加的速度，快過其他方式。有人甚至因此將生命定義為：熵製造機。
11.許許多多的電子供應者與接受者，都可溶於水，性質也很穩定，同時不需大費周章就可以自由進出細胞。這些性質代表了那些「滿足熱力學所需」的反應環境。這種特性讓氧化還原反應，比起熱能、機械能、紫外線或閃電等能量，要更適合作為可被生物利用的能量流。
12.脂質分子的結構有親水性的頭部（甘油），以及兩到三條疏水性的尾巴（在細菌跟真核生物是脂肪酸，在古菌則是異戊二烯）
13.從能量的觀點來講，酵素的威力並不在於它們可以加速反應多少，而是它們可以引導反應，將輸出最大化。
14.表面積與體積的比例問題，限制了細胞的大小，這只是很單純的反應物供給，與廢棄物移除的問題。
15.透過熱泳（thermophoresis）的過程，可濃縮這些分子的濃度到原本的數千甚至數百萬倍。
16.三階段。一：鹼性熱液微孔結構中形成的質子梯度，被帶著硫化鐵礦物質的薄壁分開，這種環境有利於簡單有機分子合成。二：在鹼性熱液微孔結構中形成簡單而有機的原始細胞。根據有機的分子之間的交互作用，形成這種簡單而脆弱的細胞狀耗散結構，應該是必然的趨勢。三：基因密碼的起源。
17.四十億年前，海洋可能呈弱酸性（pH5-7），而鹼性熱液和今天一樣，大概是pH7-9。這樣酸鹼差異讓pH橫跨3～5個單位，也就是說兩側質子濃度可能差到十萬倍。
18.完全不透的「現代化」細胞膜，將會摧毀露卡賴以為生的質子梯度。不過，後來出現了反向運輸蛋白。這種蛋白質可以將天然的質子梯度，轉換成生化的鈉離子梯度，這樣可以提供額外的能量，讓細菌可以在質子梯度低一點的地方生存，這樣一來細菌就有辦法擴散。
19.移除發酵作用產生的廢物最快且最可靠的辦法，就是呼吸作用燒掉它們。這樣子終極產物就會是CO2，可以輕易釋放到大氣裡，或是變成碳酸鹽形成在岩石中。因此，發酵作用幾乎完全依賴呼吸作用才行得通（所以必是在呼吸作用後才演化出來）
20.平均起來，真核生物的每個基因，可以分配到比原核生物多五千倍的能量。即真核生物可以花比細菌多五千倍的ATP分子，去表現每個基因，或製造更多蛋白質拷貝。
21.最大型細菌，嗜硫珠菌（Thiomargarita）尺寸約1mm的球菌。刺骨魚菌（Epulopiscium）尺寸約0.5mm，比草履蟲都還要長。它們都是「極度多倍體」，刺骨魚菌體內有20萬份基因體拷貝，嗜硫珠菌體內也有一萬八千份基因體。
22.細菌基因體大小，都會慢慢趨向一個「最小可用尺寸」；而對單一細菌而言，它仍可以隨意從一個大得多的「原基因體」裡獲得基因。一隻大腸桿菌大概有四千個基因，但是全部大腸桿菌的原基因體，大約有一萬八千個基因。兩隻之間可能有50％基因是不同的。
23.如果線粒體電力失控，會造成電子短路，也就是電子會逃跑，直接去跟氧氣或是氮氣分子反應，形成所謂的自由基。「ATP數量減少」、「生物能量膜去極化」、「釋出自由基」三件事，是啟動計畫性細胞死亡最常見的原因。
24.Intron和病毒不一樣，它必需和宿主同生共死（它類似因突變死亡的DNA寄生蟲）。科學家估計人類基因體內有98％是非編碼DNA，即Intron而無功能DNA約佔80％，有些還是有調節基因表現，或做出rRNA的功能。
25.異種同源基因，就是不同種生物之間的相同基因；而同種同源基因，則是同一個生物體內的基因家族。同源同種基因的家族，也可能從某個共組身上傳下來，然後出現在許多不同種的生物體內。
26.緩慢的剪接過程，一定要在核糖體有機會碰到RNA之前，就在細胞核內完全處理完。這就是細胞核最重要的功能：把核糖體檔在外面。這就是原核生物不需要細胞核的原因，因為原核生物根本沒有Intron的問題。
27.核膜向一個個壓扁的塑膠袋，它是一堆壓扁的小泡年和在一起。
28.一個帶有2個突變的配子，可能適應不良就被天擇淘汰。反過來說如果是有益的突變，有性生殖可以把它們集中到同一配子上。簡言之，天擇可以增加配子之間的變異性，讓每個突變都有機會被看到。
29.男人的Y染色體因為無法進行基因重組，因此上面的基因就會漸漸退化，到最後只剩下幾個關鍵的基因，被天擇保存下來。如果再退化下去整條染色體都可能會消失。高加索鼴形田鼠（Ellobius lutescens）就已經完全遺失牠們的Y染色體。
30.要降低成體組織變異性最簡單的辦法，就是從一開始就讓卵子裡面有比較多的線粒體。
31.在心靈之眼裡，各訊號組成馬賽克神經訊號。馬賽克拼貼化之所以會撩撥我們的情感，一部份原因正是因為它從碎片拼湊出真實影像的方式，跟我們的意識一樣。
32.自由基分子的功能，有點像是火災煙霧，光是移除煙霧，並沒有解決根本問題。
33.基因體配合不良的話，呼吸作用中的電子流，會造成三種變化：1.直接減緩電子傳遞的速度，如此同時ATP的合成也會跟著降低。2.產生高度還原的鐵硫簇分子(Fe2+)跟氧氣直接反應，生出一堆自由基分子。3.線粒體膜電位崩解。
34. Cytochrome C 是一個非常重要的蛋白質，因為呼吸鏈裡的電子必需天跳到它，再跳到IV上。一旦cyro C跑掉，電子就再也無法達到呼吸鏈的終點。沒有電子流，膜電位也會很快崩解。
35.雜種衰退：指的是不同「種」的生物，雜交所產生的後代，出現生殖缺陷與存活率降低的現象，這是因為線粒體與細胞核基因的不相容性。必定出現在後代異種合子體上（XY）。
36.在人類Y染色體上，主宰男性發育的基因叫做SRY基因，它會啟動許多生長因子，因而加速生長速率。這些生長因子本身並不專屬於特定性別，它們在男女體內都有活性，只不過在男性體內活性較高而已。如果出現因個突變讓這些因子活性增高，那原本沒有Y染色體的雌性胚胎就會性轉而發育成雄性；反過來說降低活性的突變，則會讓雄性的被子發育為雌性。
37.許多跳躍基因，也都偶爾掌握了發育的控制權，調整生長速率來控制性別發育。這也是為什麼男生並不需要怕Y染色體退化的原因之一，因為它的功能，多半會被其他因素取代；或是在其他染色體上的某個基因，也有可以設定雄性發育所需要的快速代謝速率。
38.線粒體有任何遺傳缺陷，它們絕大部分都會赤裸裸地，顯露在代謝需求高的性別上面，也就是雄性。許多線粒體疾病男性比女性常見：LHON男5倍，巴金森男2倍。
39.細胞質雄性不孕症，可能只是代謝速率的問題。開花植物大多雌雄同株，病株變成只有雌株（跟不孕的雄株）。
40.鳥類線粒體基因的改變速率，低於大部分哺乳類動物（除了蝙蝠，因為蝙蝠跟鳥是一樣的問題）。不會非的鳥類，因為沒有受到一樣的限制，基因改變的速率就大多了。這是因為牠們線粒體基因序列，早就是適合飛翔的最完美狀態了，若冒出突變，往往不易被接受，所以被天擇剔除。
41.從這個角度來看，可以解釋鳥類必需經常遷移，而非停在一處忍受季節變化，可能因為它們的線粒體比較適合飛行消耗，而不適合應付留下來所要面對的環境變化。反過來說大鼠的線粒體差異就很大。
42.細胞凋亡低門檻（如鳥類）：自由基外漏少、高有氧能力，線粒體疾病率低、環境改變適應性低、生育率低、老化速度慢、不易有老化相關疾病（例如鳥類都沒有癌症、糖尿病）
43.服用高劑量抗氧化劑，會有相當肯定的壞處，你可能反而會比較短命。因為使用抗氧化劑阻止自由基訊號時，會抑制ATP生成，因而有害。自由基訊號可以增加呼吸複合體的數量，連帶增加線粒體的呼吸能力，進而讓呼吸作用最適化。
44.因此抗氧化劑雖然降低自由基滲漏，但同時也減少了線粒體DNA的數量，當然，也減少最重要的ATP合成速率。
45.運動：自由基滲漏的水平其實維持一樣，甚至還會更低！這是因為呼吸鏈中的電子流動速度加快，所以呼吸複合體的還原態降低，電子也就比較不容易直接跟氧氣反應。
46.慢性發炎跟生長因子失調，會去刺激到旁邊易生長的細胞，如幹細胞、血管細胞，這些細胞被刺激後，若是運氣不好就會發展成癌症。
47.「卡路里限制」跟「低碳水化合物飲食」。它們會帶來生理壓力反應（就像促氧化劑一樣），這樣會清掃掉有缺陷的細胞跟不好的線粒體，在短期之內可以提高存活率。不過一般來說，代價是降低生育力。
心得
20200507
前面看過2本尼克連恩教授的著作，有了基礎來看這本就蠻順暢的。基本我是贊同他的觀點，即生命與環境必需整體看，無法分割；另外就是生命與能量的關係，生命就是控制能量的機器，或是內文有提到的，生命是熵製造機（因為生命體內必需維持有序，所以必然要能比自然化學更會製造熵）。題外話：以此看來像駭客任務那樣，人類拿來做電池是不可能的了！
這是生命存在的方式，或是目的？
如果這是生命存在的方式，那生命的目的是為何？
如果這是生命存在的目的，就是製造熵，那為何生命要比自然要更有效率的製造熵呢？在宇宙中的製造熵的目的為何？
抵抗宇宙收縮？抵抗黑洞？就是為了自由？
在參透這些問題之前，生命大概只能歸類於沒有意義吧，亦即回歸哲學上的問題：問生命的意義，即是問你認為哪種生活是你希望的幸福的生活？
走遍全宇宙（除了黑洞），大概只有熱力學是無爭議，屹立不搖的，真感謝闡述整理熱力學的學者。
第三本關於生命從何來的著作，我已經可以當複習看了。在第一本生命的躍升我大概就對我們從哪裡來，我們要去哪裡有概念了，之後應該要強化「我在哪裡，我是誰，我要做什麼」
20200514
線粒體的基因，思考過應該的確如連恩教授所說一樣，無法完全整併進細胞核內。原因是除了人類之外，不僅哺乳類，連扁蟲等的其他物種，古老且線粒體突變較大的物種，至今也是保留一些線粒體基因，可視作證據。
20200516
這本書又更新我許多觀念，這本書也跟他的前前作「粒線體」許多解釋是不同的，作者果然有進步。如為何植物病株為何為純雌，前作解釋是線粒體想逃出雄株，故會讓雄株弱化不孕，本文以耗能速率解釋合理多了；另外為何限制熱量為何與壽命有關，本作也有說明，因為會帶來生理壓力，強迫淘汰有缺陷的粒線體，難怪只有年輕人有用，這也是前作有提到，但是沒有說明的。甚至也可說明為何鳥類死亡，通常都是飛行中直接墜地。
有氧能力、生育力、壽命三者在本作有好的聯結，算是有回答到我很久以前的問題，我認為理論上的終極生物是不會生育，不會死亡，不過當時我的想法是與大天擇有關，沒有想到這麼細的原因。用作者的能量理論解釋是比較合理的。
對於生物個體終會死亡也有了說明，我認為比前作更合理，因為環境、生命、甚至每個化學原子都是不同、會變的，會變註定會消耗，消耗註定殆盡。本次生命以人類的方式作為一個生物存在宇宙中，我感謝在我之前的上百億人，讓我有高機率以人類出現，也謝謝20萬年來的祖先的進化，讓人類這種生物以哺乳類來說已是長壽，能夠匹敵鳥類。人類有唐氏症、有癌症、有糖尿病存在，也屬必然，畢竟這是哺乳類所選擇的道路。
如果連恩教授有新的著作，也會繼續閱讀的。
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